被稱為「澎湖原人」（Penghu 1）的古人類右側下顎骨化石，是漁民在臺灣海峽澎湖水道撈獲，因其牙齒粗大、缺乏下巴等原始特徵，自2015年起便被視為更新世亞洲尚未揭露的古人類譜系；然而，2025年的一項突破性研究首次透過古蛋白質組學分析（發現男性特有的Y型齒釉蛋白），證實這具化石屬於丹尼索瓦人男性個體，且蛋白質序列與西伯利亞樣本高度吻合，這項發現不僅是東亞島嶼（臺灣）首次發現具分子證據的丹尼索瓦人化石，更勾勒出丹尼索瓦人廣泛的分佈範圍（從西伯利亞到南方島嶼），並強化了其對現代亞洲人基因庫的貢獻。
